Con Bolla pontificia del 2 luglio 1875, Giuseppe Guarino venne nominato arcivescovo metropolita di Messina. Il 27 luglio prese canonico possesso dell'arcidiocesi per procura e il 3 agosto si insediò, giungendo in treno a Messina, salutato da una moltitudine festante. Venne accolto alla porta della cattedrale di Messina dal capitolo dei canonici e dal clero dell'arcidiocesi, radunato per celebrare i solenni festeggiamenti in onore della Madonna della Lettera. Non essendo munito del regio exequatur non poté entrare in episcopio e soggiornò per alcuni giorni in seminario. Il 10 aprile 1883 venne nominato Administrator, ad nutum Apostolicae Sedis della prelatura di Santa Lucia del Mela. Il 31 agosto 1883 con breve apostolico "Ex debito apostolicae servitutis" papa Leone XIII nominò l'arcivescovo di Messina Giuseppe Guarino archimandrita del SS. Salvatore, diocesi contigua a quella di Messina, rimasta da moltissimi anni vacante e retta dal vicario capitolare Agliati. L'Archimandritato del Santissimo Salvatore rimase integro nei suoi privilegi e nella sua giurisdizione (ad eccezione della parrocchia di Sant'Angelo di Brolo, che fu annessa alla diocesi di Patti), mantenne la sua Cattedrale e fu annesso aeque principaliter all'arcidiocesi di Messina: l'unione avvenne in persona episcopi e mons. Guarino resse le due diocesi che rimasero distinte, senza che l'una assorbisse l'altra. Il 6 agosto 1884 Giuseppe Guarino prese canonico possesso dell'archimandridato del SS. Salvatore.
Anche la situazione della nuova sede vescovile era scoraggiante. La Diocesi di Messina era composta da diversi centri montani e da una grande città, Messina, aperta a qualsiasi influenza buona o cattiva. La maggiore preoccupazione di mons. Guarino fu quindi la riorganizzazione morale e strutturale della Diocesi e la sua azione fu orientata soprattutto all’educazione delle masse attraverso una catechesi capillare ed il sostegno all’antico e nuovo associazionismo cattolico. Da un lato rifiorirono le antiche confraternite religiose, dall’altro si promosse la diffusione dei circoli della Gioventù Cattolica.
Il 20 aprile del 1877 con una lettera indirizzata alla diocesi diede inizio alla visita pastorale, che lo aiutò a prendere visione delle difficoltà e delle urgenze da risolvere.
Scrisse così: “Proibiamo qualsiasi spesa inutile per lusso, donativi o cibi non frugali. Qualsiasi spesa eccessiva sarebbe un denaro detratto ai poverelli con discapito dei nostri doveri, poiché siam tenuti in ogni tempo alla frugalità, alla moderazione, alla modestia e non tolleriamo affatto che qualcuno ci alieni dalle regole di vita dateci dai sacri canoni e dalla natura stessa del nostro ministero e che ci siamo sempre proposti di eseguire con l’aiuto del Signore”.
La visita mise in luce le miserie e la decadenza morale e spirituale del clero, che per di più mancava di mezzi economici e della necessaria cultura e formazione teologica. In uno dei tanti paesetti arroccati sui monti Nebrodi si verificò il caso particolarmente grave di una parrocchia che era stata amministrata per tanti anni da un uomo che non era sacerdote, ma aveva di fatto agito come parroco ed amministrato i Sacramenti. Fu necessario denunziarlo e mons. Guarino, chiamato a testimoniare durante il processo che seguì alla denuncia, affermò la colpa dell’imputato, invocando una mite condanna per gli abusi che erano stati commessi.
La prima problematica che mons. Guarino volle affrontare con coraggio e decisione fu al formazione del clero, che fu realizzata attraverso la promozione di contatti personali frequenti e la predicazione di esercizi spirituali; quindi cercò di riaprire e di far sviluppare il seminario, che era chiuso da più di 80 anni. Questa operazione ebbe così tanto successo che nel 1897 mons. Basile scriveva: “Chi conosceva il nostro seminario venti anni addietro e si fa ora ad osservarlo non può non rimanere profondamente ammirato per il suo rapido sviluppo… Per un incremento così splendido non fu risparmiata nessuna spesa e fatica dal nostro amatissimo arcivescovo e la diocesi tutta ha cominciato già a raccogliere gli abbondanti frutti di tanto apostolico zelo. A base della buona riuscita dei chierici il card. Guarino ha messo un ottimo avviamento alla pietà, un’esatta cultura religiosa, prescegliendo nel clero di Messina chi meglio potesse reggere ed avviare santamente i candidati all’altare. Il seminario è stato il prediletto beniamino del nostro porporato pastore, il quale vi ha preso sempre una parte attiva ed immediata, visitandolo spesso di persona e prendendone minuto conto”.